MGPS & l'INRA
The microbiota in human health
and well being.

Biobanque - SAMBO

SAMBO est la plateforme de biobanque et de traitement des échantillons, développée par Metagenopolis pour la conservation, le suivi et la distribution des échantillons intestinaux.

La standardisation de toutes les étapes de traitement de ces échantillons est fondamentale pour permettre une capacité maximale de traitement tout en limitant la l’altération de l’échantillon pour optimiser la fiabilité et la qualité des analyses en découlant. La plateforme travaille actuellement sur la mise en place d’une biobanque nationale d’échantillons de fecès capable de stocker et de mettre à disposition plus d’un million d’aliquots en support à des projets de recherche. Parallèlement, Sambo est aussi en charge de l’extraction de l’ADN bactérien, à la fois pour les projets de métagénomique quantitative et ceux de métagénomique fonctionnelle.

Dans Metagenopolis, SAMBO est donc la première plateforme impliquée au démarrage d’un projet de recherche :

La première étape clef est l’assistance experte pour la rédaction des spécifications de l’étude clinique

Sambo propose des recommandations pour la collecte des échantillons, la manipulation, le stockage et le transport afin d’assurer une qualité optimale des échantillons. Ces recommandations sont basées sur l’expérience et le savoir-faire acquis au cours des projets MetaHIT, Micro-Obes, CrossTalk et MetaCardis.

Le traitement des échantillons constitue la seconde étape réalisée par Sambo au cours de laquelle la plateforme garantit une traçabilité sans faille. 

Des procédures standardisées sont scrupuleusement respectées à toutes les étapes et la certification ISO9001 est actuellement en cours de préparation. 

Pour aller plus loin dans la mise en place de procédures automatisées, Sambo a récemment acquis une technologie d’aliquotage à -80°C permettant de standardiser les procédés de traitement des échantillons, limiter les manipulations et ainsi optimiser l’analyse des données issues de ces échantillons. L’intégration réussie de cette technologie a été validée suite à l’évaluation de plusieurs méthodologies d’aliquotage à -80°C. Les critères d’évaluation étaient la reproductibilité de la méthode ainsi qu’une comparaison avec les profils métagénomiques obtenus par rapport à ceux des méthodes standards utilisées auparavant. 

Dans le cadre du projet Européen “International Human Microbiome Standards” SAMBO construit les prochaines étapes de sa standardisation et de son automatisation.

Le projet IHMS a pour but de coordonner la création de procédures normalisées et de protocoles permettant d’optimiser la comparaison des données dans le domaine des recherches sur le microbiome humain. Le Dr Joël Doré, Directeur Scientifique de la plateforme SAMBO est aussi le responsable du Work Package portant sur la rédaction des procédures normalisées pour la collecte, l’identification et le traitement des échantillons 

Fort d’un débit annuel de 4000 échantillons, l’automatisation étape par étape des procédures permettra à la plateforme d’atteindre son but de 10 000 échantillons annuels d’ici 2016.

Depuis 2012, la plateforme a été impliquée dans 4 projets industriels, 4 projets Européens et 6 projets financés par l’ANR.

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