MGPS & l'INRA
The microbiota in human health
and well being.

INRA

Micalis est une unité de recherche mixte (UMR) gérée conjointement par l'Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) et par l'Institut des Sciences et Industries du Vivant et de l'Environnement (AgroParistech). Cette unité résulte de la fusion de 8 unités de recherche en janvier 2010. Elle regroupe plus de 300 collaborateurs dont 115 chercheurs, ingénieurs et enseignants, et 80 PhD, post-doctorant et stagiaires. Ses 23 équipes de recherche sont organisées en 3 pôles thématiques et 7 plateformes technologiques. Micalis dispose d'un portefeuille de 19 brevets portant sur des outils de biologie moléculaire ainsi que sur des produits et procédés biotechnologiques. Elle a récemment remplis deux demandes de brevets supplémentaires dans le domaine de la métagénomique portant sur le diagnostique des maladies inflammatoires chroniques intestinales et l'obésité.

 

Le "Pôle Ecosystèmes" considère les écosystèmes microbiens complexes de l'aliment et de l'intestin humain comme des éléments déterminants pour le maintien de la qualité des aliments et de la santé. Son but est de comprendre les mécanismes de mise en place et de préservation de l'homéostasie des relations aliments-microbiote-hôte et des conditions de rupture de cet équilibre, pouvant induire diverses pathologies immunes, métaboliques ou dégénératives. Les études entreprises portent d'une part sur la dynamique structurelle et fonctionnelle des écosystèmes microbiens de la chaine alimentaire et d'autre part sur le dialogue entre microorganismes et cellules humaines et plus généralement sur les interactions entre la physiologie du microbiote et la physiologie de l'homme.

 

La biologie systémique considère les organismes et les processus biologiques comme un système dans son ensemble et non comme une somme d'éléments. Elle s'efforce de capturer la complexité de ces systèmes dans des modèles mathématiques permettant à la fois d'expliquer et de prédire les réponses des organismes vivants aux changements de l'environnement. Ce type d'approche révolutionne notre pratique et notre compréhension de la biologie; elle ouvre de nouvelles voies de recherche permettant en particulier l'exploitation des capacités de biosynthèse et de dégradation des microorganismes pour le bénéfice de l'homme, et plus généralement pour la construction de systèmes biologiques nouveaux "synthétiques".

 

L'objectif global du "Pôle Risque" est de développer des outils d'identification des dangers, des stratégies de prévention et de lutte contre les microorganismes pathogènes d'origine alimentaire. Ainsi, un microorganisme "inoffensif" dans un environnement, peut devenir "pathogène", producteur de molécules toxiques, en condition de contrainte ou de stress.

ICAN

Parmi les investissements d'avenir, un des appels d'offre était consacré spécifiquement à la recherche en santé. Plusieurs instituts hospitalo-universitaires ont été sélectionnés parmi lesquels l'Institut de Cardiométabolisme et Nutrition (ICAN) dirigé par Karine Clément, professeur de nutrition à l'UPMC.

ICAN a été fondée par l'INSERM, l'Assistance Publique-Hôpitaux de Paris, l'Hôpital Pitié Salpêtrière (AP-HP) et l'Université Pierre et Marie Curie Paris 6. Il s'appuie sur les expertises médicales et scientifiques des forces présentes dans ces instituts.

 

ICAN est un institut spécifiquement dédié aux pathologies du coeur, du métabolisme et aux maladies liées à la nutrition.

Les maladies cardiovasculaires, métaboliques et de la nutrition sont intimement liées. Elles touchent un grand nombre de français et sont en progression constante. On y retrouve par exemple le diabète de type 2, ou encore l'obésité qui atteint 14,5% de la population. Quant aux maladies cardiovasculaires, elles restent la première cause de mortalité avant l'âge de 75 ans. Malgré les progrès déjà réalisés, il reste encore beaucoup à faire dans ces maladies chroniques.

 

ICAN quels objectifs ?

La lutte contre ces maladies nous met face à un double constat. D'une part, on ne parvient pas à prévoir leur apparition, ni les phases d'aggravation, ni celles où elles deviennent chroniques. D'autre part, ces pathologies mêlent plusieurs dimensions à prendre en compte : le macro-environnement d'une personne (son alimentation, son activité physique, ses conditions socio-économiques, son stress...etc) et son micro-environnement (ses facteurs biologiques propres génétiques et épigénétiques). A cela s'ajoute le rôle de certains organes comme l'intestin et la flore intestinale, qui font le lien entre macro et micro-environnement. Les objectifs majeurs sont donc d'arriver à prédire l'évolution de la maladie d'un patient, et d'appréhender cette complexité pour améliorer le traitement. C'est ce qu'on appelle la médecine personnalisée. Il faut développer de nouveaux outils.

 

ICAN, un projet de recherche translationnelle

Il s'agit de transmettre rapidement les découvertes scientifiques jusqu'au patient. Pour cela, le projet ICAN va développer des outils innovants d'investigation et de traitement et favorisera les partenariats publics et privés, même en amont, afin d'accélérer cette translation vers le malade.

 

ICAN quels moyens humains ?

ICAN mobilise une force importante : des acteurs de soin comme les chercheurs sont au coeur d'ICAN. Plus de 400 professionnels de santé et 120 chercheurs sont impliqués dans ce projet. Les liens nationaux et internationaux seront étendus ainsi que les partenariats industriels. Pour faire face à la complexité du sujet, un large panel de compétences a été réuni en cardiologie et en métabolisme bien sûr, mais également en microbiologie, en génétique et en épigénétique. Quant au traitement des données haut débit, il nécessitera des experts et des outils de pointe. C'est dans ce cadre que se développent les relations avec certaines plateformes comme MGP. Les nombreuses dimensions impliquées dans le projet ICAN demandent une grande pluridisciplinarité qui sera mise à profit pour assurer des formations de qualité à la médecine moderne des maladies cardiométaboliques et liées à la nutrition.

UCLy

L'Université Catholique de Lyon (UCLy) est une université privée de 12 500 étudiants reconnue par l'Etat français et membre de l'Université de Lyon. Elle est constituée de 5 pôles facultaires et de 20 unités de formation et de recherche parmi lesquels le Centre Interdisciplinaire d'Ethique (CIE) particulièrement engagé en bioéthique. L'objectif du CIE est de :

 

Développer des activités de recherches en matière de bioéthique et éthique médicale,

Dispenser des formations dans le domaine de l'éthique en interne et en externe

Collaborer avec d'autres instituts ou universités sur les principales questions éthiques de la santé.

 

Au Centre Interdisciplinaire d'Ethique, la recherche est menée par quatre chercheurs sous l'autorité du Professeur Jean-Marie Gueullette, PhD, MD, HDR, et en collaboration avec des philosophes et scientifiques parmi lesquels des chercheurs du laboratoire de biologie de l'UCLy.

 

De plus, un Master en Management des biobanques a été récemment créé par l'Université ce qui est important pour MétaGénoPolis. Et enfin, le nouveau recteur de l'UCLy, le Professeur Thierry Magnin, Président, PhD, HDR, professeur d'éthique des sciences et des techniques, déjà très impliqué dans les programmes de l'ANR, a permis la création d'un groupe de recherche sur l'éthique des nanotechnologies.

 

L'Université Catholique de Lyon est particulièrement intéressée par le projet MGP qui lui permettra de travailler en direct avec des chercheurs et des industriels qui lui apporteront leur expérience technique. Ce sujet est étroitement lié à son domaine de compétence et sera incontestablement un atout important pour la recherche appliquée dans le domaine de l'éthique.