Métagénomique fonctionnelle

Construction de large insert génomique et de librairies métagénomiques

Criblage fonctionnel de grandes bibliothèques de clones avec des milliers de fragments d’ADN génomiques ou métagénomiques >> Identification des échanges bactéries – cellules

Implémentation d’essais biologiques sur cellules à l’aide d’une stratégie à haut débit >> Identification des gènes bactériens fonctionnels et des voies métaboliques impliqués dans le dialogue avec l’hôte

Construction de librairies métagénomiques

Réplication de librairies

Culture automatisée de clones bactériens, suivie d’une lyse et d’une filtration

Développement de nouveaux outils de criblage (test cellulaire utilisant la technologie du gène rapporteur)

Criblage à haut débit sur des cellules épithéliales humaines, y compris la mesure des activités des gènes rapporteurs (luminescence (HTS), fluorescence (HCS), absorbance)

Analyse par cytométrie de flux et tri des cellules

La conception de projets de métagénomique fonctionnelle:
– Conseils d’experts pour la conception de l’étude
– Construction de large insert génomique et de librairies métagénomiques
– Criblage fonctionnel et analyse

Le criblage à haut débit des bibliothèques existantes: de la construction du projet à l’analyse des résultats

 Principaux domaines de recherche avec nos partenaires industriels:
– Criblage des espèces/souches microbiennes susceptibles d’interagir avec l’hôte
– Identification de la fonction d’une espèce/souche sur une voie métabolique spécifique : immunité, barrière intestinale, inflammation, récepteur du goût, stress oxydatif.
– Impact d’une molécule ou d’un nutriment sur le métabolisme microbien (synthèse ou catabolisme: métabolites bactériens)