Le séquençage à haut débit de l'ADN des bactéries vivant dans le tube digestif permet la stratification des individus et la caractérisation de leur microbiote.
échantillons séquencés et analysés par an
GO de stockage des données
Installation de calcul à haute performance
Pipeline intégré de séquençage à haut débit et de profils métagénomiques à haute résolution d'échantillons intestinaux
Capture des gènes de base et des gènes accessoires des espèces microbiennes, méthode publiée dans Bioinformatique (2019)
MSP MISES A JOUR FREE ACCESS
Caractérisation de la communauté microbienne au niveau de la souche, variabilité inter-individuelle et annotation fonctionnelle du microbiome
Shotgun et shallow métagénomiques réalisées par nos performantes équipes de séquençage, bio-informatique et de scientifiques
Construction de catalogue de gènes de-novo
Identification, annotation et profilage des pan-génomes d'espèces métagénomiques
Cartographie du microbiote humain ou animal qui n'a pas encore été exploré
Identifier les biomarqueurs associés à la dysbiose : signatures microbiennes utilisées comme outils de diagnostic ou de pronostic
Étudier l'impact des prébiotiques, probiotiques, médicaments, aliments fonctionnels sur le microbiote intestinal : modulation de la composition taxonomique et fonctionnelle
Stratification des individus pour la médecine personnalisée : individus répondeurs et non-répondeurs (composition du microbiote basal)
2010 : Qin et al. Nature, The human gut reference catalogue
2011 : Arumugam et al. Nature, Enterotypes
2012 : Qin et al. Nature, Type II Diabetes
2013 : Cotillard et al. Nature, Impact of diet on gut microbiome
2013 : Le Chatelier et al. Nature, Richness of gut microbes and metabolic markers
2014 : Nielsen et al. Nature Biotech, Method for identifying metagenomic species
2014 : Li et al. Nature Biotech, 10 millions genes reference catalog
2014 : Qin et al. Nature, Human gut microbiome alterations in liver cirrhosis
2016 : Pedersen et al. Nature, Microbiome and insuline resistance
2018 : Gopalakrishnan et al. Science, Microbiome and melanoma cancer immunotherapy
2018 : Routy et al. Science, Microbiome and epithelial cancer immunotherapy
2018 : Ruppé et al. Nature Microbiology, Prediction of the intestinal resistome
2019 : Plaza Onate et al. Bioinformatics, Abundance-based reconstitution of microbial pan-genomes
2020 : Cox et al. Gastroenterology, Low FODMAP diet and gut mcirobiome
2020 : Meslier et al. Gut, Beneficial effects of a Mediterranean diet in overweight and obese subjects
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