Nous vivons dans un monde de diversité. Notre planète regorge d’un panel de diversité à tous les niveaux : la flore, la faune, les hommes, les cultures, les croyances, les modes de vie… La diversité est associée à un état d’équilibre harmonieux d’un écosystème. Sans diversité, la vie ne serait pas celle qu’elle est aujourd’hui.
Nous sommes microbiens et les bactéries qui nous composent sont également un bel exemple de diversité. Depuis notre naissance, nous vivons en symbiose avec les micro-organismes qui composent notre microbiote. Cette relation symbiotique est essentielle pour nous maintenir en bonne santé aussi bien physique que mentale. Notre microbiote intestinal entretient en effet une relation étroite avec notre système immunitaire.
Sans une bonne diversité bactérienne, comme par exemple si notre microbiote est moins riche en espèces, l’équilibre hôte-microbiote risque de perdre son harmonie et ses fonctions protectrices. Il est alors associé à une diminution de la protection de la barrière intestinale vis-à-vis de bactéries pathogènes et peut favoriser un état inflammatoire qui augmente le risque de maladies chroniques.
Aujourd’hui, de nombreuses études montrent que la diversité ou la richesse de notre microbiote intestinal sont menacées. Certaines bactéries présentes dans notre microbiote disparaissent et ceci pourrait persister pour les générations futures.
Notre mode de vie moderne pourrait en être la cause. Stress, anxiété, prise excessive d’antibiotiques, pollution environnementale, consommation d’aliments ultra transformés et protéines animales au détriment des apports de fibres (fruits et légumes, notamment), perturbent notre microbiote intestinal et impactent négativement notre santé.
«Chez l’animal de laboratoire, retirer les fibres fait perdre définitivement 25 à 30% de la richesse en espèces du microbiote en quelques générations. On observe la même différence quand on compare des microbiotes de tribus isolées amazoniennes ou tanzaniennes avec ceux d’urbains occidentaux. Chez les patients, c’est le même constat dans un grand nombre de maladies chroniques dont ‘comme par hazard’ l’incidence n’a cessé d’augmenter depuis 60 ans.», Joël Doré, Directeur de recherche INRAE et Directeur scientifique de MetaGenoPolis.
Il devient donc primordial de préserver cette biodiversité. Bien nourrir et préserver notre symbiose est essentiel au maintien de la santé et du bien-être.
Pour cela, notre alimentation va être un levier de première ligne. La façon dont nous mangeons impacte notre microbiote intestinal et notre corps. Plus notre alimentation est variée et « saine », plus notre microbiote est diversifié et capable de nous protéger des bactéries pathogènes, des infections virales et autres maladies.
«Les fibres vont nourrir notre microbiote intestinal et lui permettre d’enrichir ses fonctions. Un microbiote intestinal diversifié favorise notre système immunitaire et renforce sa capacité de défense vis-à-vis des infections. Il devient donc nécessaire de consommer plus de fibres et en plus grande variété.», Joël Doré
Il est également possible de préserver cette diversité par la congélation des milliards de micro-organismes qui peuplent notre microbiote intestinal. Ces bactéries en voie disparition pourront servir dans le futur à des fins thérapeutiques, en étant par exemple transplantées si besoin pour enrichir notre microbiote ou celui des générations à venir.
A MetaGenoPolis, nous sommes investis dans l’exploration et la préservation de la diversité / richesse du microbiote. Nous disposons en effet pour la recherche d’une biobanque pouvant contenir plusieurs centaines de milliers d’échantillons et de bactéries les composant. Ce système à la pointe de la technologie, labellisé Centre de Ressources Biologiques, permet une conservation de haute qualité des échantillons dans le temps. Nous initions la construction et le stockage de 100 000 échantillons de selles pour étudier le microbiote des français et de mieux appréhender son rôle dans les contextes d’une alimentation et d’une médecine personnalisées.
Notre cœur d’expertises est de regarder la richesse en espèces microbiennes du microbiote intestinal par métagénomique shotgun. Le séquençage à haut débit et total de l’ADN des microbes vivant dans le tube digestif permet la stratification des individus et la caractérisation de leur microbiote. Cette cartographie détaillée de la composition du microbiote intestinal et de sa variabilité inter-individuelle, ouvre la voie à une meilleure compréhension du lien entre le microbiote et les maladies.
Nous sommes enfin convaincus que la diversité est un moteur essentiel de l’innovation. Nous proposons ainsi une diversité de technologies et de compétences au sein de nos équipes.