Notre équipe

Alexandre Cavezza, un chimiste organique avec deux décennies d’expérience dans la recherche et le développement industriel et la gestion de projets, est le directeur exécutif de MetaGenoPolis depuis 2018.

Alexandre a travaillé auparavant comme chercheur en agrochimie et a géré des projets de R&D chez L’Oréal Paris avant de prendre ses fonctions au sein de MetaGenoPolis.

Il apporte des atouts en matière de connaissances techniques et de gestion d’équipe : il travaille avec des personnes qui ont des domaines d’expertise variés pour créer des produits innovants et durables. Il est déterminé à rendre l’expertise et les services de MetaGenoPolis accessibles aux partenaires du secteur privé.

Florence Haimet, directrice adjointe à Metagenopolis, a plus de 30 ans d’expérience dans la gestion de la recherche et a été responsable du partenariat pour la division Microbiologie de l’INRAE pendant 12 ans.

Elle a travaillé avec divers groupes, notamment des start-ups, des entreprises internationales et des consortiums d’entreprises, et a une expérience dans la gestion scientifique d’entreprises telles que le projet MetaHIT et le projet de normes internationales sur le microbiome humain (IHMS)

Son expertise comprend la négociation de contrats, la gestion de la propriété intellectuelle et la communication avec les partenaires industriels. Contribuer à la santé et au bien-être de l’homme par la traduction des résultats scientifiques est au cœur de son travail pour MetaGenoPolis.

Joël Doré est directeur scientifique de MetaGenoPolis et de la plateforme SAMBO, tout en étant directeur de recherche à l’INRAE et en pilotant le projet de microbiologie alimentaire et intestinale pour la santé humaine de l’Institut Micalis.

Il a rejoint l’INRAE il y a plus de 30 ans après avoir obtenu son doctorat de l’Université de l’Illinois à Urbana-Champaign (USA), et compte aujourd’hui plus de 200 publications scientifiques à son actif.

Joël a reçu un prix INRAE pour l’ensemble de sa carrière en 2017 et a été lauréat de nombreuses distinctions liées à la recherche.
Il a pour objectif de contribuer à une meilleure compréhension de l’écosystème microbien intestinal afin de soutenir des approches thérapeutiques efficaces et scientifiques en médecine et en nutrition.

Hervé Blottiere est immunologiste et expert en métagénomique fonctionnelle. Il est le directeur scientifique de la plateforme METAFUN à MetaGenoPolis.

Avec plus de 100 publications évaluées par des pairs à son actif, les principaux intérêts de recherche d’Hervé portent sur la physiologie du tube digestif : le dialogue entre le microbiote intestinal et la muqueuse intestinale, et l’étude des signaux moléculaires du Microbiote qui sont impliqués dans ce dialogue.

En plus de son rôle au sein de MetaGenoPolis, il est directeur scientifique du laboratoire FINE (Fonctionnalité de l’écosystème intestinal), ancien vice-président du Club d’étude des cellules épithéliales digestives (CECED) et membre de la Société française de gastro-entérologie (SNFGE).

Dusko Ehrlich est un scientifique de renommée internationale dans le domaine du microbiome intestinal. Il est le principal investigateur de MetaGenoPolis et le directeur scientifique des plateformes METAQUANT / INFOBIOSTAT.

Il est spécialisé dans la microbiologie et la génomique et a publié plus de 340 publications dans ces domaines d’étude.

Il est membre de l’Académie américaine de microbiologie, de l’Académie croate des sciences, de l’Académie française d’agriculture et de l’Organisation européenne de biologie moléculaire.

Dusko a obtenu son doctorat à l’université de Paris Diderot avant de devenir chercheur associé dans le laboratoire du professeur Joshua Lederberg, lauréat du prix Nobel, à l’université de Stanford.

Dusko est devenu directeur de recherche à l’INRAE en 1986, puis a coordonné le projet historique MetaHIT, qui a rassemblé des cliniciens, des spécialistes en génomique, des microbiologistes, des informaticiens et des bio-analystes. MetaHIT a réussi à caractériser le microbiome intestinal dans différents états pathologiques et à définir l’existence des entérotypes.

Scientifique de formation, Karine Valeille dirige maintenant les partenariats stratégiques et le développement commercial de MetaGenoPolis liés au microbiome : la nutrition et la santé humaine et animale.
Elle travaille à l’établissement de partenariats pour la mise en place de projets innovants et compétitifs grâce à la collaboration entre des compétences complémentaires reconnues dans les groupes pharmaceutiques, les start-up/PME, la recherche universitaire et les hôpitaux.

Après un doctorat en physiologie nutritionnelle (Université de Paris Sud-Orsay) sur le thème de la modulation du métabolisme du cholestérol, Karine a été chercheur pharmacologue « early drug development » dans le domaine du diabète/obésité chez Pierre Fabre Médicament, puis responsable des projets d’e-santé, de diagnostic biologique et de médecine translationnelle chez Medicen Paris Region.

Florian Plaza-Onate travaille comme bioinformaticien pour la plateforme METAQUANT/INFOBIOSTAT de MetaGenoPolis, et est co-auteur de plusieurs publications importantes liées aux données métagénomiques.

Il a obtenu son doctorat en sciences de la vie à l’université de Paris Saclay, avec des intérêts de recherche en programmation parallèle, en métagénomique et en exploration de données.

Florence Thirion est diplômée de l’Ecole Centrale de Lille (ingénierie générale) en 2013, après avoir obtenu un Master en bioinformatique à l’Université de Technologie de Wroclaw (Pologne), dans le cadre d’un double diplôme.

Après une expérience d’un an dans une start-up dans le domaine de la métagénomique, Florence a rejoint en 2015 l’équipe d’InfoBioStat de MetaGenoPolis en tant que data scientist pour développer des pipelines automatisés pour la métagénomique.
Elle est également en charge de la gestion du projet, depuis les devis jusqu’au rapport d’analyse final.

Après une expérience d’ingénieur en microbiologie au Champagne Veuve Clicquot Ponsardin et d’ingénieur d’études cliniques à l’APHP, Anne-Sophie a obtenu un doctorat en microbiologie financé par la DGA, avec des travaux sur le microbiote nasal et la colonisation par Staphylococcus aureus. Anne-Sophie a ensuite travaillé à MetaGenoPolis en tant que bioanalyste afin d’accroître ses compétences en science des données et en bioinformatique. Elle a complété son expertise en microbiome chez Danone dans le domaine de la recherche et de l’innovation par diverses missions scientifiques et de communication. Anne-Sophie a rejoint MetaGenoPolis via INRAE transfert en tant que responsable de la communication en octobre 2019.

Diplômé de l’AgroParisTech (école d’ingénieurs en agroalimentaire et environnement) en 2016, Sébastien Fromentin a rejoint l’équipe d’InfoBioStat en janvier 2017 en tant que biostatisticien.

Sébastien a travaillé sur plusieurs projets européens pendant 2 ans et demi et est maintenant en charge de trouver et de mettre à jour des outils statistiques et de visualisation pour l’analyse de la métagénomique. Il est également l’interlocuteur principal de MetaGenoPolis pour les projets de recherche publique et, en tant que INRAE Transfert, il est chargé de développer le partenariat avec les partenaires industriels.

Après un parcours académique en microbiologie, Chloé a réalisé un Doctorat à l’Institut Pasteur sur la production et l’entrée des toxines botuliques dans l’intestin, et un post doctorat à l’IBENS sur la modification transcriptomique des cellules intestinales lors d’une infection à L. monocytogenes.
Par la suite, Chloé a souhaité se rapprocher de l’innovation scientifique, et après une courte expérience en tant que consultante en financement de l’innovation, elle a travaillé au sein de Axelys Santé, une CRO spécialisée dans les affaires médicales et pharmaceutiques en tant que responsable du développement et de l’innovation.

Chloé rejoint MetaGenoPolis en tant que Responsable du suivi de projets en juillet 2020 et aura en charge le suivi des projets de l’unité.

Nicolas Pons, responsable opérationnel de la plateforme INFOBIOSTAT de MetaGenoPolis, est bioinformaticien à l’INRAE de Jouy-en-Josas depuis 2003.

Avec plusieurs publications à son actif, son expertise porte sur le développement de bases de données et de méthodes de traitement pour l’analyse des données de la métagénomique.

Parmi les principaux projets de recherche sur lesquels il a travaillé figurent MetaHIT, MicroObese, MetaCardis et EvoTAR. Nicolas a terminé son doctorat en 2007, au cours duquel il a développé une stratégie de reconstruction des réseaux de régulation transcriptionnelle dans les bactéries par la détection des boîtes de régulation de l’ADN. En 2010, il a commencé à travailler avec la plateforme de séquençage à haut débit MetaQuant au Micalis Institute, et a rejoint l’équipe de MetaGenoPolis.

Véronique Léjard est responsable de la R&D de la plateforme METAFUN.

Ses principaux intérêts sont l’exploration des interactions entre le microbiome intestinal et la muqueuse intestinale, ainsi que l’identification de clones bioactifs qui affectent le fonctionnement des cellules intestinales humaines.

Véronique a obtenu son doctorat en physiologie et physiopathologie à l’Université Pierre et Marie Curie, avec des travaux axés sur la régulation transcriptionnelle du collagène de type I dans les tendons ; elle a ensuite travaillé avec l’équipe Formation et réparation des muscles et des tendons au Laboratoire de biologie du développement à Paris, dans l’équipe Matrice extracellulaire et développement de l’Institut de biologie et de chimie des protéines, et dans l’unité de recherche Génétique animale et biologie intégrative de l’INRAE. Depuis 2013, Véronique était responsable opérationnelle de la plateforme METAFUN de MetaGenoPolis. Elle est maintenant en charge de la recherche et du développement de la plateforme METAFUN.

Après l’obtention d’un Master de Sciences à l’université Robert Gordon (Ecosse), Elliot a intégré l’institut INRAE MICALIS pour un poste d’ingénieur où il a pu travailler sur des projets axés sur les interactions entre les microbiomes (intestinal et pulmonaire) et l’hôte.

En 2017, Elliot a entrepris un Doctorat au sein de l’Institut MICALIS sur l’isolement de souches bactériennes de la cavité buccale et la caractérisation de leurs effets en santé respiratoire.

Après avoir obtenu son diplôme à Sorbonne Université en Juin 2020, Elliot rejoint la plateforme METAFUN de MetaGenoPolis en tant que Responsable de production en métagénomique fonctionnelle en Juillet 2020.

Christian est titulaire d’un Master de Biologie Moléculaire obtenu à l’Université de Nice-Sophia Antipolis en 2012. Il travaille d’abord sur les interactions plantes-microorganismes avant de passer plusieurs années au CEA, où il se consacrera à des thématiques d’ingénierie génétique de différentes souches de microorganismes marins, financées par des contrats signés avec des industriels du secteur des biotechnologies.

En 2019, Christian rejoint la plateforme SAMBO de MetaGenoPolis en tant que responsable de production, pour s’occuper de la mise en place de la biobanque et du pipeline semi-automatisé d’extraction d’ADN. Il est désormais en charge de cette plateforme.