Métagénomique quantitative

Séquençage du Génome Entier

Analyser et modéliser la diversité et la composition des microbiotes complexes

Notre équipe assure une qualité optimale de données. Une expertise en bioinformatique et en statistiques avec une exploitation de données multivariées et hétérogènes.

Nous pouvons générer des données grâce à notre plateforme de séquençage haut débit ISO9001 ou vous pouvez fournir vos propres données!

Le séquençage à haut débit de l'ADN des bactéries vivant dans le tube digestif permet la stratification des individus et la caractérisation de leur microbiote.

Mathieu Almeida - Directeur scientifique de Metaquant

Une grande capacité de traitement en constante évolution

10 000

échantillons séquencés et analysés par an
3 000 000

GO de stockage des données
1 000 coeurs

Installation de calcul à haute performance

Séquençage entier du métagénome

Analyse du microbiote à haute résolution avec des pan-génomes d'espèces métagénomiques (MSPs)

Pipeline intégré de séquençage à haut débit et de profils métagénomiques à haute résolution d'échantillons intestinaux

Capture des gènes de base et des gènes accessoires des espèces microbiennes, méthode publiée dans Bioinformatique (2019)

MSP MISES A JOUR FREE ACCESS

Caractérisation de la communauté microbienne au niveau de la souche, variabilité inter-individuelle et annotation fonctionnelle du microbiome

Shotgun et shallow métagénomiques réalisées par nos performantes équipes de séquençage, bio-informatique et de scientifiques

Découvrir la diversité des microbiotes

Catalogues de gènes et d'espèces pour divers microbiotes

Construction de catalogue de gènes de-novo

Identification, annotation et profilage des pan-génomes d'espèces métagénomiques

Cartographie du microbiote humain ou animal qui n'a pas encore été exploré

Applications concrètes pour la santé humaine dans les domaines médical et nutritionnel

Identifier les biomarqueurs associés à la dysbiose : signatures microbiennes utilisées comme outils de diagnostic ou de pronostic

Étudier l'impact des prébiotiques, probiotiques, médicaments, aliments fonctionnels sur le microbiote intestinal : modulation de la composition taxonomique et fonctionnelle

Stratification des individus pour la médecine personnalisée : individus répondeurs et non-répondeurs (composition du microbiote basal)

Nos publications de référence en métagénomique quantitative

2010 : Qin et al. Nature, The human gut reference catalogue
2011 : Arumugam et al. Nature, Enterotypes
2012 : Qin et al. Nature, Type II Diabetes
2013 : Cotillard et al. Nature, Impact of diet on gut microbiome
2013 : Le Chatelier et al. Nature, Richness of gut microbes and metabolic markers
2014 : Nielsen et al. Nature Biotech, Method for identifying metagenomic species
2014 : Li et al. Nature Biotech, 10 millions genes reference catalog
2014 : Qin et al. Nature, Human gut microbiome alterations in liver cirrhosis
2016 : Pedersen et al. Nature, Microbiome and insuline resistance
2018 : Gopalakrishnan et al. Science, Microbiome and melanoma cancer immunotherapy
2018 : Routy et al. Science, Microbiome and epithelial cancer immunotherapy
2018 : Ruppé et al. Nature Microbiology, Prediction of the intestinal resistome
2019 : Plaza Onate et al. Bioinformatics, Abundance-based reconstitution of microbial pan-genomes
2020 : Cox et al. Gastroenterology, Low FODMAP diet and gut mcirobiome
2020 : Meslier et al. Gut, Beneficial effects of a Mediterranean diet in overweight and obese subjects

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