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Etude sur le lien entre l'obésité de la mère et la régulation de l'appétit de l'enfant par le microbiote. Cette étude in vivo suggère que le transfert néonatal du microbiote intestinal peut programmer le comportement alimentaire.

Les personnes souffrant d'un syndrome de l'intestin irritable sévère se caractérisent par une consommation plus importante d'aliments de mauvaise qualité au cours de leurs repas principaux. Notre analyse a suggéré que les covariations entre le microbiote intestinal au niveau des sous-espèces et le régime alimentaire pouvaient être expliquées par la gravité des symptômes du SII, les gaz exhalés, le métabolisme des glycanes et le rapport viande/plante. Nous avons fourni des preuves que la sévérité du SII est associée à une altération de la fonction hydrogène du microbiote intestinal en corrélation avec les enzymes du microbiote impliquées dans le métabolisme des glucides animaux.

L'Atlas du microbiome de l'intestin humain (HGMA) fournit i) des informations quantitatives sur la métagénomique shotgun globale du microbiome de l'intestin humain, ii) des informations sur la fonction/le phénotype des espèces métagénomiques pan-génomiques (MSP) associées à l'intestin humain et iii) une carte globale du microbiome de l'intestin humain. La métagénomique shotgun globale du microbiome intestinal humain normal de 18 pays est présentée avec i) l'abondance des espèces, ii) la richesse génétique et iii) les entérotypes. En outre, une analyse complète a permis d'identifier les espèces enrichies ou appauvries dans 20 maladies différentes avec les fonctions ou le phénotype des espèces respectives, détaillant la dysbiose dans la composition du microbiome intestinal.

Modification du microbiote intestinal induit par le régime méditerranéen pour l'amélioration de la santé cardiométabolique
Dans cette étude, les auteurs montrent l'effet du régime méditerranéen sur la composition du microbiote intestinal et son effet sur le système endocannabinoïde impliqué dans le développement de l'obésité et de ses comorbidités
Le tonus endocannabinoïde et la fonctionnalité du microbiote au départ déterminent une réponse individualisée au régime méditerranéen pour améliorer la sensibilité à l'insuline et l'inflammation
Le régime méditerranéen a un impact sur la composition du microbiote intestinal avec une augmentation de Akkermansia muciniphila

L'analyse fonctionnelle du microbiote révèle des modifications des enzymes à activité glucidique dans la MP
Un nombre plus élevé d'enzymes bactériennes de dégradation de la mucine et de l'hôte est lié à la MP
La modélisation métabolique révèle la contribution du métabolisme spécifique des bactéries dans la MP
L'analyse systématique du microbiote intestinal révèle le rôle du métabolisme bactérien des folates et de l'homocystéine dans la maladie de Parkinson. La modélisation de la communauté intestinale révèle le rôle du folate bactérien et de l'homocystéine dans la MP

Le nombre d'indications pour la transplantation de microbiote fécal devrait augmenter, ce qui accroît la nécessité de produire des greffons congelés ou lyophilisés facilement disponibles. En utilisant la métagénomique shotgun, nous avons étudié la capacité de deux nouvelles greffes de microbiote fécal humain préparées dans des solutions de maltodextrine-tréhalose (abrégées MD et TR pour maltodextrine:tréhalose, 3:1, p/p, et tréhalose:maltodextrine 3:1, p/p, respectivement), à coloniser un modèle de souris née sans germe. Le gavage avec des suspensions congelées-décongelées de MD ou de TR a donné les profils taxonomiques des fèces de souris qui ressemblaient le plus à ceux obtenus avec l'inoculum frais (corrélations de Spearman basées sur les abondances relatives des espèces métagénomiques autour de 0,80 et 0,75 pour MD et TR respectivement), tandis que la capacité de prise de greffe des greffons NaCl décongelés divergeait le plus (corrélations de Spearman autour de 0,63). La prise de greffe des membres de la famille Lachnospiraceae et Ruminoccocaceae a été la plus difficile dans tous les groupes de souris, étant améliorée avec les greffons MD et TR par rapport à NaCl, mais toujours plus faible qu'avec la préparation fraîche. L'amélioration de la prise de greffe de ce groupe important pour le maintien de la santé représente un défi qui pourrait bénéficier de recherches supplémentaires sur la fabrication de greffes de microbiote fécal.

L'analyse des données métaprotéomiques est d'un grand intérêt car elle révèle les fonctions réellement présentes dans le microbiote. Cependant, la manipulation d'échantillons de grande taille reste un défi.
Cette étude décrit comment améliorer la stratégie d'analyse des données pour interpréter les données métaprotéomiques de l'intestin humain, avec une recherche itérative élaborée dans la base de données.

Finlay et al. PNAS 2021
Dans cette publication, les auteurs explorent les nombreuses facettes des changements sociétaux induits par la COVID-19 et leurs effets possibles sur le microbiote, et discutent des défis actuels et futurs concernant l'interaction entre cette pandémie et le microbiote. La reconnaissance récente de l'influence du microbiote sur la santé humaine fait qu'il est essentiel d'examiner à la fois comment le microbiote, façonné par des processus biosociaux, affecte la sensibilité au coronavirus et, inversement, comment la maladie COVID-19 et les mesures de prévention peuvent affecter le microbiote. Ces connaissances pourraient s'avérer essentielles pour la prévention et le traitement, ainsi que pour les résultats biologiques et sociaux à long terme de cette pandémie.

D. Burz et al. Microorganisms 2021
Dans cette étude, les auteurs ont transplanté le microbiote d'un patient présentant un foie gras (NAFL) et d'un individu sain à deux groupes de souris. Nous avons d'abord montré que la composition du microbiote chez les souris receveuses ressemblait à celle de leur donneur humain respectif. Suite à l'administration d'un régime alimentaire riche en fructose et en graisses, les souris ayant reçu le microbiote humain de la NAFL (NAFLR) ont pris plus de poids et présentaient un taux de triglycérides hépatiques et un taux de cholestérol LDL plasmatique plus élevés que les souris ayant reçu le microbiote humain sain (HR). Les analyses métabolomiques ont révélé qu'il était associé à des niveaux plasmatiques plus faibles et plus élevés de glycine et d'acide 3-indolépropionique chez les souris NAFLR, respectivement. En outre, plusieurs genres bactériens et OTU ont été identifiés comme étant représentés différemment dans le microbiote NAFLR et HR et donc potentiellement responsables des différents phénotypes observés. Dans l'ensemble, nos résultats confirment que les bactéries intestinales jouent un rôle dans le développement de l'obésité et de la stéatose et que le ciblage du microbiote intestinal peut être une stratégie préventive ou thérapeutique dans la gestion de NAFLD.