Publications

D. Burz et al. Microorganisms 2021
Dans cette étude, les auteurs ont transplanté le microbiote d'un patient présentant un foie gras (NAFL) et d'un individu sain à deux groupes de souris. Nous avons d'abord montré que la composition du microbiote chez les souris receveuses ressemblait à celle de leur donneur humain respectif. Suite à l'administration d'un régime alimentaire riche en fructose et en graisses, les souris ayant reçu le microbiote humain de la NAFL (NAFLR) ont pris plus de poids et présentaient un taux de triglycérides hépatiques et un taux de cholestérol LDL plasmatique plus élevés que les souris ayant reçu le microbiote humain sain (HR). Les analyses métabolomiques ont révélé qu'il était associé à des niveaux plasmatiques plus faibles et plus élevés de glycine et d'acide 3-indolépropionique chez les souris NAFLR, respectivement. En outre, plusieurs genres bactériens et OTU ont été identifiés comme étant représentés différemment dans le microbiote NAFLR et HR et donc potentiellement responsables des différents phénotypes observés. Dans l'ensemble, nos résultats confirment que les bactéries intestinales jouent un rôle dans le développement de l'obésité et de la stéatose et que le ciblage du microbiote intestinal peut être une stratégie préventive ou thérapeutique dans la gestion de NAFLD.

Solé et al. Gastroenterology 2021
La cirrhose se caractérise par des altérations marquées du microbiome intestinal qui correspondent à des stades de la maladie avec des modifications maximales de l'ACLF. L'altération du microbiome intestinal a été associée à des complications de la cirrhose et à la survie. Le microbiome intestinal peut contribuer à la progression de la maladie et à un mauvais pronostic. Ces résultats devraient être confirmés dans de futures études.

Vieira-Silva et al. Nature
Dans ce sous-ensemble de la cohorte MetaCardis comprenant près de 900 individus de 3 pays différents (France, Danemark et Allemagne) avec un IMC compris entre 18 et 73 kg.m-2, les résultats suggèrent que les statines pourraient potentiellement moduler les altérations du microbiote intestinal soutenant l'inflammation dans l'obésité.

Derosa et al. European Urology
Patient's response to cancer immunotherapy in renal cell carcinoma is modulated by the gut microbiome.

Farin et al. SOARD
Microbiota changes after bariatric surgery depend on the nature of the intervention. LRYGB induces greater taxonomic and functional changes in gut microbiota than SG. Possible long-term health consequences of these alterations remain to be established.

Meslier et al. Gut
switching subjects to an MD while maintaining their energy intake reduced their blood cholesterol and caused multiple changes in their microbiome and metabolome that are relevant in future strategies for the improvement of metabolic health

Cox et al. Gastroenterology
This great research in collaboration with the King’s College London and MetaGenoPolis shows that a four-week low FODMAP diet improved gut symptoms in patients with IBD.
Patients receiving low FODMAP diet for 4 weeks (n=27) reported an improvement in stomach swelling and flatulence severity (52%), which was accompanied by higher health-related quality of life scores.

Burz et al. Scientific reports
complete standardized procedure to prepare and store live and ready-to-use transplants that meet the standard requirements of good practices to applied use in pharmaceutical industry.

Plaza Onate et al. Bioinformatics
We introduce MSPminer, a computationally efficient software tool that reconstitutes Metagenomic Species Pan-genomes (MSPs) by binning co-abundant genes across metagenomic samples. MSPminer relies on a new robust measure of proportionality coupled with an empirical classifier to group and distinguish not only species core genes but accessory genes also. Applied to a large scale metagenomic dataset, MSPminer successfully delineates in a few hours the gene repertoires of 1661 microbial species with similar specificity and higher sensitivity than existing tools. The taxonomic annotation of MSPs reveals microorganisms hitherto unknown and brings coherence in the nomenclature of the species of the human gut microbiota

Marinelli et al, Scientific reports
by screening commensal bacteria supernatants on an AhR reporter system expressed in human intestinal epithelial cell line (IEC), we found that the short chain fatty acid (SCFA) butyrate induced AhR activity and the transcription of AhR-dependent genes in IECs. We showed that AhR ligand antagonists reduced the effects of butyrate on IEC suggesting that butyrate could act as a ligand of AhR, which was supported by the nuclear translocation of AhR induced by butyrate and in silico structural modelling. In conclusion, our findings suggest that (i) butyrate activates AhR pathway and AhR-dependent genes in human intestinal epithelial cell-lines (ii) butyrate is a potential ligand for AhR which is an original mechanism of gene regulation by SCFA.