MGPS & l'INRA
The microbiota in human health
and well being.

Outils InfoBioStat

Logiciels bioinformatique développé par InfoBioStat:

Meteor

 

METEOR est une suite logicielle consacrée au traitement primaire de données de séquençage (Illumina, SOLiD ou Proton) pour des applications de métagénomiques quantitatives. Le traitement primaire est composé de plusieurs modules pour (i) l'indexation des données métagénomiques, (ii) le contrôle qualité (nettoyage et filtrage), (iii) le mapping et le comptage de gènes de larges catalogues de référence (des millions de gènes) et (iv) le profiling de centaines d'échantillons. METEOR est accompagné d'outils permettant l'intégration de nouveaux catalogues de référence, la gestion des données de séquençage et la création de workflows.

 

Meteor a été référencé par APP avec le certificat IDDN.FR.001.420008.000.R.P.2013.000.30000

 

Télécharger le logiciel (testé sur windows 7 x64) (46.7 MB)

Télécharger le jeu de données (56.8 MB)

Télécharger la documentation vidéo (35.6 MB)

 

Contacts:

Nicolas Pons

Jean-Michel Batto

MetaOMineR

 

MetaOMineR est un paquet R permettant l'analyse de large profiles de comptage construits par METEOR (ou par d'autres pipeline). La normalisation et des routines d'échantillonnage permettent de réduire la variabilité technique entre les échantillons. La réduction de dimension peut être réalisée par clustering, et par projection des données sur les espèces métagénomique (les MGS) ou par des procédures de filtrage différentes. Une variété de routines statistiques permet d'identifier des gènes, des MGS et des fonctions associées à des traits caractéristiques ou phénotypiques.

 

MetaOMineR a été référencé par APP avec le certificat IDDN.FR.001.220005.000.R.P.2014.000.10000

 

Télécharger le paquet momr (2.2 MB)

Télécharger le tutoriel momr (4.9 MB)

 

Contacts:

Edi Prifti

Emmanuelle Le Chatelier

 

 

SOMA : SOLID reads Metagenomic Assembly

 

SOMA est un pipeline dédié à l'assemblage de lecture (e.g. reads) provenant du séquenceur Abi SOLiD et à la prédiction des gènes codants. SOMA dispose d'une paramétrisation spécifique à l'assemblage en colorspace et intègre plusieurs étapes d'analyse pour la détection des gènes, l'identification des MOTUs, l'annotation taxonomique et fonctionnelle des gènes.

 

Télécharger le Poster de présentation de SOMA à IHMC 2015  (1,26 Mo)

Télécharger le logiciel (143 Mo) md5 : 9a62a9d9dfb4f568a400e09e5a00348b

Télécharger les données (3,88 Go) md5 : 734a1ed8752d7b02e9ae261a1e343ebb

Télécharger un exemple (169 Mo) md5 : f95f937c2a7ccdf2079e7892280ae90e

 

Contacts:

Amine Ghozlane

Mathieu Almeida

Anne-Sophie Alvarez

 

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