Le nombre d’indications pour la transplantation de microbiote fécal devrait augmenter, ce qui accroît la nécessité de produire des greffons congelés ou lyophilisés facilement disponibles. En utilisant la métagénomique shotgun, nous avons étudié la capacité de deux nouvelles greffes de microbiote fécal humain préparées dans des solutions de maltodextrine-tréhalose (abrégées MD et TR pour maltodextrine:tréhalose, 3:1, p/p, et tréhalose:maltodextrine 3:1, p/p, respectivement), à coloniser un modèle de souris née sans germe. Le gavage avec des suspensions congelées-décongelées de MD ou de TR a donné les profils taxonomiques des fèces de souris qui ressemblaient le plus à ceux obtenus avec l’inoculum frais (corrélations de Spearman basées sur les abondances relatives des espèces métagénomiques autour de 0,80 et 0,75 pour MD et TR respectivement), tandis que la capacité de prise de greffe des greffons NaCl décongelés divergeait le plus (corrélations de Spearman autour de 0,63). La prise de greffe des membres de la famille Lachnospiraceae et Ruminoccocaceae a été la plus difficile dans tous les groupes de souris, étant améliorée avec les greffons MD et TR par rapport à NaCl, mais toujours plus faible qu’avec la préparation fraîche. L’amélioration de la prise de greffe de ce groupe important pour le maintien de la santé représente un défi qui pourrait bénéficier de recherches supplémentaires sur la fabrication de greffes de microbiote fécal.