Récemment, des scientifiques du centre médical universitaire des Pays-Bas ont souligné que le WGS fournit des résultats plus précis, en termes de prédiction des taxons et d’estimation de l’abondance, par rapport à ceux du séquençage 16S. Ils ont montré que des algorithmes distincts d’attribution de taxonomie produisent des résultats similaires lorsqu’on utilise les données du WGS et que l’utilisation des données du séquençage 16S pour les analyses métagénomiques peut conduire à des conclusions erronées.
https://www.fsigenetics.com/article/S1872-4973(20)30028-4/fulltext
À MetaGenoPolis, nous disposons d’un pipeline intégré de WGS pour effectuer des analyses microbiologiques exhaustives et à haute résolution avec des pan-génomes d’espèces métagénomiques (MSP). Les MSPs capturent et distinguent non seulement les gènes principaux mais aussi les gènes accessoires des espèces microbiennes. Ces travaux permettent d’obtenir la composition du microbiome intestinal au niveau de la souche et sa variabilité inter-individuelle, ouvrant ainsi la voie à une meilleure compréhension du lien entre le microbiote et les maladies.
https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/9/1544/5106712
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